Početkom prošle sedmice, Musemić je izabran za novog šefa stručnog štaba. Biće to četvrti put da Husref sjeda na užarenu trenersku stolicu FK Sarajevo. U dosadašnja tri mandata, ekipu je vodio u 199 utakmica, što znači da će mu sutrašnji meč sa Olimpicom biti mali jubilej.

Pored igračke karijere, Musemić je u historiji FK Sarajevo ostavio značajan trag i kao trener Sarajeva. U tri različita mandata, Musemić je vodio ekipu Sarajeva 199 puta, pri čemu je ostvario bilans od 103 pobjede, 45 remija i 51 poraza. Sa Sarajevom je osvojio Kup BiH u sezoni 2004/05, te titulu prvaka dvije godine kasnije. Ostvario je i zapažene rezultate na evropskoj sceni, a najviše se ističu eliminacija češke Sigme i belgijskog Genka, te remi u Istanbulu sa Besiktasem i pobjeda nad Rapidom na Koševu.

Po broju utakmica u kojima je vodio FK Sarajevo, Husref Musemić se u kompletnoj klupskoj historiji nalazi na trećem mjestu. Više puta od njega su na klupi sjedili samo Miroslav Brozovićž i Fuad Muzurović.

Prvi mandat (maj 2001. - juli 2001.)

Nakon što je nekoliko godina proveo u stručnom štabu FK Sarajevo, kao pomoćni trener, u finišu sezone 2000/01 ukazana mu je prilika da sjedne na klupu Sarajeva. Zbog loših rezultata, nakon 36 odigranih kola, smijenjen je dotadašnji šef stručnog štaba Denijal Pirić, a oformljen je novi stručni štab na čelu sa Husrefom Musemićem, kome su u radu pomagali Predrag Pašić i Agim Nikolić. Ekipu je preuzeo u trenutku kada se nalazila na trećem mjestu, sa 4 boda zaostatka za drugoplasiranim Brotnjom, te nakon prve polufinalne utakmice Kupa protiv Posušja, u kojoj je Sarajevo, pod vodstvom Pirića poraženo sa 1:0.


Stručni štab Sarajeva u finišu sezone 2000/01: Musemić, Pašić, Nikolić

U preostalih šest prvenstvenih utakmica, Sarajevo je ubilježilo polovičan učinak, a najvažniji rezultat je bio trijumf nad Posušjem na Koševu, u revanšu polufinala Kupa. Sarajevo je slavilo sa 4:1, te se plasiralo u finale, čime je obezbjedilo plasman u Kup UEFA. U finalu, bordo tim je poražen od komšija sa Grbavice rezultatom 2:3, iako je golovima Repuha i Šaranaovića, dva puta imao prednost. Nakon završene sezone, sredinom jula, Upravni odbor imenovao je Fuada Muzurovića za novog šefa stručnog štaba.

Drugi mandat (juli 2002. - septembar 2003.)

Nakon godinu dana, te osvojenog Kupa pod Muzurovićevim vodstvom, iskusni trener se zbog problema sa zdravljem povukao sa te pozicije, a kao njegov nasljednik izabran je ponovno Husref Musemić. Na početku njegovog drugog mandata, uslijedili su sjajni rezultati na evropskoj sceni, jer je Sarajevo u prvom pretkolu Kupa UEFA, nakon boljeg izvođenja jedanaesteraca izbacilo češku Sigmu i plasiralo se u prvo kolo. Tamo nas je čekao turski velikan Besiktas, a u jednoj od najvećih utakmica Sarajeva, u Istanbulu je ostvaren veliki podvig. Nakon vodstva domaćina od 2:0 na poluvremenu, Musemić je u drugom dijelu igre na teren poslao Osmanhodžića, koji uz Obuću pogađa mrežu Besiktasa, za velikih 2:2. U revanšu je turski tim ipak pokazao pravu snagu, te slavio sa visokih 5:0. Prvu polusezonu, Sarajevo je završilo na drugom mjestu sa 4 boda zaostatka za jesenjim prvakom Leotarom, a nešto lošiji rezultati poćetkom proljetnog dijela sezone, odvojili su Sarajevo od borbe za šampionsku titulu.


Kup UEFA, 2002/03: Besiktas JK - FK Sarajevo 2:2

Sarajevo je do kraja sezone vodilo trku sa Širokim Brijegom za treće mjesto i plasman u Kup UEFA, a kada je četiri kola prije kraja, tim Širokog imao prednost od pet bodova, činilo se da je pitanje putnika u Evropu bilo riješeno. Uslijedio je furiozni finiš Sarajeva, ostvarene su pobjede nad Kozarom i Jedinstvom na Koševu, te Zrinjskim i Veležom u Mostaru, te se Sarajevo našlo na trećem mjestu i plasiralo se u Kup UEFA.

Start naredne sezone je bio kao iz snova, u prva tri kola Sarajevo je osvojilo devet bodova, uz fenomenalnu gol-razliku 11:0, što je do danas ostalo zabilježeno kao najuspješniji prvoligaški start Sarajeva, u prva tri kola svih vremena. Ali nakon sjajnog starta u Prvenstvu, uslijedio je nesretni poraz od Orašja na Koševu, ispadanje iz Kupa UEFA od Sartida, te eliminacija iz Kupa od niželigaša Drinovaca. Tako je nakon šest odigranih kola Musemić smijenjen sa kormila Sarajeva, iako se u tom trenutku tim nalazio na prvom mjestu na tabeli. Musemića je na klupi zamjenio Agim Nikolić, a Sarajevo je pod njegovim vodstvom sezonu završilo na trećem mjestu i bez plasmana u Evropu.

Treći mandat (januar 2005. - juni 2008.)

Treći i ujedno najuspješniji mandat, za Musemića je startao  u pauzi između dvije polusezone. Nakon razočaravajuće jeseni, koju je Sarajevo pod vodstvom najprije Kemala Alispahića, a kasnije Edina Prljače, završilo na slabom desetom mjestu, na klupu je imenovan Musemić. On je u prvom dijelu sezone vodio zenički Čelik, a kada je dobio poziv sa Koševa, zahvalio se Upravi Zeničana, te napustio Bilino polje i po treći put se vratio na naš najveći stadion. Husref je preuzeo ekipu koja se nalazila na desetom mjestu, te u polufinalu Kupa, a nakon dva početna poraza, do kraja sezone je u 13 kola ostvarilo učinak od 7 pobjeda, 4 remija i samo 2 poraza, te je sezonu završilo na četvrtom mjestu, sa istim brojem bodova kao i trećeplasirani Široki Brijeg. Ipak, sezonu je obilježio veliki uspjeh u Kupu BiH, gdje je nakon eliminacije Slavije, Sarajevo u dvije finalne utakmice bilo bolje od Širokog Brijega, te rekordni četvrti put osvojilo Kup. Bio je to prvi trofej kojeg je Musemić osvojio kao šef stručnog štaba Sarajeva. Uprkos osvajanju Kupa, zbog problema sa licencom, Sarajevo tog ljeta nije igralo u Evropi.

 
Musemić u zagrljaju sa kapitenom Berberovićem, nakon osvajanja Kupa BiH 

U narednoj sezoni, Sarajevo je vodilo mrtvu trku sa Širokim Brijegom za šampionsku titulu, ali je posustalo u finišu sezone, te nakon poraza u Zenici i Travniku, otpalo iz utrke. Široki Brijeg je postao prvak BiH, a Sarajevo viceprvak, što je bio najbolji rezultat Sarajeva otkako se Premijer liga igra na teritoriji cijele BiH.

Ono što Sarajevo nije uspjelo u toj sezoni, ostvareno je godinu dana kasnije. Sarajevo je sjajno otvorilo sezonu, ponovno su ostvarene tri pobjede iz prva tri meča, a Sarajevo je dobro igralo i u Kupu UEFA. Nakon eliminacija Rangersa iz Andore, uslijedile su dvije utakmice sa Rapidom iz Bukurešta. Sarajevo je na Koševu, golom Obuće slavilo sa 1:0, a u revanšu su Rumuni, golom u zadnjoj minuti meča, trijumfovali sa 2:0 i plasirali se u narednu rundu. Sarajevo se nakon ispadanja iz Kupa UEFA, okrenulo nastupima u Premijer ligi. Poslije sedam odigranih kola, Sarajevo je preuzelo lidersku poiziciju na tabeli, koju nije isputilo do samog kraja sezone. Četiri kola prije kraja, odigrana je ključna utakmica, Sarajevo je gostovalo u Lukavici, kod ekipe Slavije, koja se nalazila na drugom mjestu sa samo jednim bodom manje od bordo tima. Sredinom pvog poluvremena, Slavija je stigla do vodstva od 1:0, a kako je vrijeme odmicalo izgledalo je da će Sarajevo izgubiti ovaj meč, te ispustiti lidersku poziciju. Ali onda je u posljednjim minutama meča, Emir Obuća pogađa mrežu Slavije, za 1:1 i ostanak Sarajeva na čelu tabele. Šest bodova iz posljednja tri kola, bilo je dovoljno da Sarajevo po četvrti put u svojoj historiji postane državni šampion.


Musemić na rukama navijača, nakon osvajanja šampionske titule

Sezona 2007/08 bila je posljednja Musemićeva sezona na čelu stručnog štaba. Sarajevo je u ovoj sezoni igralo dosta promjenjivo, a obilježili su je svakako sjajni rezultati u pretkolima Lige prvaka. Nakon očekivane eliminacije prvaka Malte, Marsaxlokka, Sarajevo je napravilo senzaciju i eliminisalo belgijskog viceprvaka, ekipu Genka i plasiralo se u treće pretkolo Lige prvaka, što je bio najveći poslijeratni klupski rezultat na međunarodnoj sceni. U trećem pretkolu, Sarajevo je eliminsano od Dynama iz Kijeva, potom i od Basela u prvom kolu Kupa UEFA. Krajem septembra, Musemić je zbog skuoba sa Upravom kluba suspendovan, pa je naredna četiri meča tim sa klupe vodio njegov prvi pomoćnik, Abdulah Oruč. Krajem oktobra, suspenzija je skinuta, a Musemić se vratio na klupu i vodio tim do kraja sezone, koju je Sarajevo završilo na petom mjestu i bez plasmana na evropsku scenu. Završetkom te sezone, Musemiću je istekao ugovor, koji nije produžen, a tri i pol godine koliko je Musemić bio trener Sarajeva, bio je najduži mandat jednog trenera Sarajeva, još od sredine 80-tih godina i Boška Antića.